兔腦炎微孢子蟲症(Encephalitozoonosis)，病原為Encephalitozoon cuniculi，屬於Microspora門，Haplophasea綱，Glugeida目，Encephalitozoonidae 科，Encephalitozoon 屬，包括 E. cuniculi, E. intestinalis 和 E. hellen 等三個種別。
腦炎微孢子蟲是一種寄生於細胞內之微孢子蟲，宿主範圍極廣，包括嚙齒類、兔子、馬、肉食動物以及人類等。兔腦炎微孢子蟲主要宿主為兔子，感染率達37％至68％，一般是攝入孢子，潛伏感染無臨床症狀且可持續數年之久，不僅給人類及動物健康帶來極大威脅，同時對實驗動物結果的判定帶來很大的干擾。
兔腦炎微孢子蟲對中樞神經系統、腎臟及眼睛較為偏好，故常見有肉芽腫性腦膜腦炎、間質性腎炎及眼球葡萄膜炎等。在人類會有腸炎、腎炎、角膜結膜炎伴隨腦炎。近年來發現大量有關腦炎微孢子蟲引起愛滋病患者致死性病例，致使該人畜共通傳染病受到醫界廣泛關注及高度重視，亦為公共衛生學上重要課題。